home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9605a.zip / M9650261.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-09  |  2KB  |  38 lines
  1.        Document 0261
  2.  DOCN  M9650261
  3.  TI    Assignment and modeling of the Rev Response Element RNA bound to a Rev
  4.        peptide using 13C-heteronuclear NMR.
  5.  DT    9605
  6.  AU    Battiste JL; Tan R; Frankel AD; Williamson JR; Department of Chemistry,
  7.        Massachusetts Institute of Technology,; Cambridge 02139, USA.
  8.  SO    J Biomol NMR. 1995 Dec;6(4):375-89. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/96141450
  10.  AB    The Rev Response Element (RRE) RNA-Rev protein interaction is important
  11.        for regulation of gene expression in the human immunodeficiency virus. A
  12.        model system for this interaction, which includes stem IIB of the RRE
  13.        RNA and an arginine-rich peptide from the RNA-binding domain of Rev, was
  14.        studied using multidimensional heteronuclear NMR. Assignment of the RNA
  15.        when bound to the peptide was obtained from NMR experiments utilizing
  16.        uniformly and specifically 13C-labeled RNA. Isotopic filtering
  17.        experiments on the specifically labeled RNA enable unambiguous
  18.        assignment of unusual nonsequential NOE patterns present in the internal
  19.        loop of the RRE. A three-dimensional model of the RNA in the complex was
  20.        obtained using restrained molecular dynamics calculations. The internal
  21.        loop contains two purine-purine base pairs, which are stacked to form
  22.        one continuous helix flanked by two A-form regions. The formation of a
  23.        G-G base pair in the internal loop requires an unusual structure of the
  24.        phosphate backbone. This structural feature is consistent with
  25.        mutational data as being important for the binding of Rev to the RRE.
  26.        The G-G base pair may play an important role in opening the normally
  27.        narrow major groove of A-form RNA to permit binding of the Rev basic
  28.        domain.
  29.  DE    Gene Products, rev/GENETICS/*METABOLISM  Genes, env/*GENETICS  Human
  30.        HIV/*GENETICS  Models, Molecular  Nuclear Magnetic Resonance  Nucleic
  31.        Acid Conformation  Protein Binding  Protein Conformation  RNA,
  32.        Viral/*GENETICS/METABOLISM  Support, Non-U.S. Gov't  Support, U.S.
  33.        Gov't, P.H.S.  JOURNAL ARTICLE
  34.  
  35.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  36.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  37.  
  38.